微生物实验室是指进行微生物研究的场所。根据微生物实验室的要求和使用要求，要不同于一般的实验室工程或净化工程。主要应用于微生物学、生物医学、生物化学、动物实验、基因重组以及生物制品等研究使用的实验室统称生物实验室。
在微生物实验室,必须达到一定程度的无菌状态,避免微生物污染。假如在一个不洁的实验室或者早先打翻过样品的地方做微生物实验,引入新的微生物污染样品的几率是很大的。
一个设计合理的实验室能提供一个合格的环境以支持实验能够有效地进行。
首先，需要为实验室选择一个合适的物理位置：
远离其他操作区域，比如，生产或者储运；
没有从其他区域进入实验室的直接入口；
实验室必须是微生物实验专用；
应有专门微生物检测无菌间，并通过缓冲间与准备间等进行区隔。
其次，实验室的应满足一下配置和要求：
1、微生物实验室应该有单独的通风系统, 与其他操作区域的空气供给分开；空调系统的排气必须直接排出实验室, 空调系统应定时清洗, 并关注空气过滤器的清洁。
2、实验室应该是限制进入的, 采用门禁卡控制或者其他身份识别方式, 只有那些被允许进入实验室的人员才能进入。
3、实验室人员应该有充足的工作区域, 从GLP标准来说, 每人应有20平方米的区域. 充足的工作区域可以避免工作中人员的碰撞, 也避免了交叉污染。
4、实验室的墙面, 屋顶和门都应该是平滑的, 光洁易于清洗的；墙的接缝包括强和墙之间, 强和地面之间应该是弧形的；任何地方都应该不能聚集灰尘, 例如窗台或者窗帘；柜子应该是可移动的或者是不着地的以方便清扫。
5、实验室应有充足的照明, 包括不间断电源或者备用发电机。
另外，CNAS-CL09:2013《检测和校准实验室能力认可准则在微生物检测领域的应用说明 》有规定：检测样品中的霉菌时，要有适当的措施控制孢子在空气中的扩散。通常情况下，CNAS评审专家会要求和霉菌培养箱分开放置。