一、防腐
值得相信的非标集装箱房屋虽然外部结构为钢铁结构，所以耐击打能力较强，但是钢铁结构的致命点便是化学物质腐蚀，比如常见的酸碱盐等都不能与其接触，否则在短时间内就会引起整体性的损坏。如果有酸碱盐物质接触后，必须要使用专业清洗试剂进行擦拭。
二、防止结构性损坏
因行业的非标集装箱房屋大多为一体化结构，只有窗子和门体等为分体式设计，因此在特殊结构部位要注意保养，不可用力拉扯或强行关闭等，避免结构性损坏，集装箱板房的结构性损坏维修工作较困难，而且后期维修效果不如原装集装箱板房效果好。
三、防止内部发霉返潮
虽然非标集装箱板房确实具有防潮功能，但是因地区环境的差异，比如四川盆地湿度常年较大，也需要着重注意防潮工作，如果非标集装箱板房内部出现返潮情况，对于它的影响极大，会大幅降低它的使用寿命，一旦返潮发霉后会对板房墙体造成性破坏。
除此之外，对于非标集装箱板房也要注意经常的除尘工作，避免尘土积淀后形成化学物质腐蚀团。应该每隔一个月左右对板房进行一次系统化保养，在前期选购非标集装箱板房的时候，也要着重注意它的外部材质及施工工艺，也可提前考虑保养工作，让后期保养变得更加简单。