医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
阜外医院现有病房39间，手术室27间（含多模态手术室1间），复合手术室6间，导管室18间（含日间手术室1间），编制床位数1521张，实际开放床位数1392张。阜外医院将“持续建设、完善‘以心血管学科为引领，相关学科协调发展’的布局，为推动未来向综合性医院转型奠定基础”视作为核心发展目标之一，科学合理地调整学科配置及规模，现有临床中心涵盖心血管内科、外科疾病诊疗中心、影像中心以及心血管相关疾病诊疗中心；新兴学科包括肾内科、呼吸内科、神经内科、消化内科、五官科、中医科等。
大步向前的科研成绩
建院68年来，阜外医院共斩获科研成果361项，其中国家科学进步奖（含全国科技大会奖）46项，部委级成果奖187项，获国家专利713项，发表学术论文14192篇,出版专著341部。自1998年至2023年SCI收录论文5403篇，全院发表在影响因子大于5的期刊（The Lancet《柳叶刀》、The New England Journal of Medicine《新英格兰医学杂志》、Circulation《循环》杂志等）论文2075篇。牵头和参与了国家“七五”以来的心血管领域攻关项目126项和“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“十三五”、“十四五”等重大项目，获得科研立项1805项。阜外医院心血管病学、心血管外科学连续十年名列年度学科榜单首位。心血管病学、心血管外科学名列五年总科技量值(ASTEM)榜单首位。
开创中国心血管病防治事业
阜外医院心血管病流行病学防治研究工作始于1959年。1978年建立了中国个心血管病流行病学研究室，是我国个从事心血管病流行病学和人群防治研究的专业研究室。2000年成立群体遗传学及防治研究室，在我国心血管人群防治基础上开拓了新的遗传流行病学的发展领域。2004年9月卫生部心血管病防治研究中心落户阜外，具体负责推动全国的心血管病防治和研究工作。2013年国家心血管病中心投入实质运营，软硬件设施得到极大改善，心血管疾病防治工作站上了更高平台。