北京儿童医院技术力量雄厚。拥有重点学科儿科学，国家儿童肿瘤监测中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、国家中西医协同旗舰医院试点单位等12个平台，8个国家临床重点专科，5个北京市重点实验室，2个北京市级研究平台以及16个市级医疗中心。医院设有疑难罕见病例会诊中心和远程会诊中心，儿科疑难重症疾病的诊断水平居国内地位，是中华医学会儿科学分会、儿外科分会，中国医师协会小儿外科医师分会，中华护理学会儿科专业委员会主任委员单位。
北京儿童医院医院内分泌科开设肥胖与减重门诊，筛查导致肥胖的内分泌疾病(如垂体、肾上腺、甲状腺疾病、下丘脑综合征等)，评估营养状况，进行营养代谢状态分析，并对患者进行个体化减重指导，帮助患者达到并维持目标体重。
内分泌科是医院中一个专门内分泌科疾病的地方，主要负责糖尿病、肥胖症、骨质疏松、痛风、脂质代谢紊乱以及甲状腺、垂体、肾上腺、性腺、甲状旁腺等疾病的临床诊治。
巩纯秀主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。