北京301医院是全军重症监护示范基地和中华护理学会的培训基地。每年招收市级以上医疗机构进修医师1200余名，接收军队、地方医学院校实习生200余名。军队生源基本涵盖了军队各兵种及武警系统130家医院，以及各系统门诊部、卫生队、疗养院等。地方生生源主要来自全国21个省、4个直辖市、5个自治区1500家三级以上医院和医学院，约占全国三级医院的65.2%。
北京301医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖22项，国家发明奖3项，军队科技进步一等奖21项。医院承担“973”、“863”等各类课题800多项，在中国国内、国际公开发表的论文总数和国内论文被引用次数连续4年居全国医院之首。
令狐恩强说，在2010年前后，我国提出消化内镜诊治新模式的概念，来践行早诊早治的理念。一方面是把检查切入点从有症状期提前到无症状期，另一方面则是形成以消化内镜治 疗为主，外科手术切除为辅，放化疗为补充的一套全新的治 疗概念。该理念保证了患者能在早期就能被发现，并进行有效的内镜下治 疗，具有良好的社会意义和经济效益。
令狐恩强指出，近几年，随着消化内镜技术的快速发展，我国已从微创外科到超级微创外科的过渡。现在广义上的微创手术指的是微小创口的外科手术。然而微创发展到今天，它的概念已经改变：相对于开腹、开胸而言，微创是用腹腔镜、胸腔镜等内镜对患者病变部位进行切除，但是其切除的范围仍然很大。然而随着消化内镜技术的发展，我们现在强调：在保留组织解剖结构完整和保证器官功能的基础和前提下，可能性地切除病变部位，从而达到患者的目的。这我们称之为“超级微创”，这也是未来医学的发展趋势。