北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤中心二病区拥有的胃肠肿瘤诊疗和研究团队，比肩国际胃肠诊疗中心。共开放床位29张，专长于进展期胃肠肿瘤的手术和综合、早期胃癌的保留功能手术、低位直肠保肛手术等。主治病种包括胃癌、结直肠癌、胃肠道间质瘤和其他少见胃肠道肿瘤。在多学科讨论的基础上，为每一位患者制定和实施为合理的诊疗规划。在中心主任季加孚院长的直接领导下，科室秉承北京大学肿瘤医院的优良传统，追求，不断进步，在临床、科研、教学等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持稳健、严谨工作作风的同时，走上了高速发展的快车道。科室人员结构：1、人员构成：主任医师3人，副主任医师6人，主治医师7人，住院医师2人，护理人员17人。2. 科室主要领导：胃肠肿瘤中心主任季加孚，科主任步召德，护士长赵旻。
科室特色包括：微创手术、外科、疑难手术、功能保留手术、快速康复、病人全程管理。
北京大学肿瘤医院肝胆胰外一科创建于1996年。现有病床33张，医师10人，其中正高职称医生2人，副高职称1人，中级职称4人，在读研究生4人，所有医生均为研究生毕业。建科以来，在黄信孚及邢宝才主任的领导下，科室全体医师秉承以"延长病人生存，改善病人生活质量，为病人解除病痛"为目标，把肝胆胰肿瘤综合的理念与肝胆胰外科手术的近技术相结合，不断创新，不断提高，不断完善，形成了鲜明的本科室的诊疗特色。在医疗、科研和教学方面居国内水平。同时，培养出了一大批研究生和青年医师。
现任主任邢宝才，教授，主任医师。担任：中国协会肝癌专业委员会常委，中华外科学会肝脏外科学组委员，中华肿瘤学会肝癌学组委员，中国协会大肠癌肝转移学组委员，中国协会胆道肿瘤委员会常委，中国协会胰腺癌委员会委员，卫生部肿瘤规范化专家委员会委员，北京协会理事，北京协会肝胆胰肿瘤委员会主任委员，北京肿瘤学会委员，北京大学肝癌中心副主任，北方肝癌专家委员会副主任。同时担任多种杂志的编委和审稿专家。
肿瘤妇科现有床位32张，医护人员20人，其中副主任医师以上医师3人，承担着医疗、教学和科研工作。
主要诊治妇科各种良、恶性肿瘤，包括卵巢、子宫体、宫颈、阴道和外阴的良恶性肿瘤等。开展全子宫切术、附件切除术、子宫广泛性切除及次广泛切除术、卵巢癌减瘤术、阴式子宫切除术、宫腔镜、腹腔镜手术及LEEP刀宫颈锥切术。以妇科肿瘤的综合为特色，强调个体化综合方案，擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。主要特色包括：
1. 擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。依据患者病情，合理地应用手术、化疗、放疗、介入和生物等手段，制定个体化方案，延长患者的生存期，提高患者的生活质量。
2. 顺应微创外科的潮流，积极开展微创手术，包括腹腔镜下广泛子宫切除、盆腔淋巴结清扫术、宫腔镜下肿瘤切除术、宫颈LEEP刀锥切术、子宫内膜热球、阴式子宫切除术等。在保证效果的同时，减轻患者的痛苦，缩短术后恢复时间。
3. 与肿瘤内、外科专业组密切合作，对消化道恶性肿瘤的卵巢转移以及乳腺癌内分泌后的妇科问题采取有力的措施进行，取得了一定的效果。
肿瘤妇科的全体医护人员继承老一代艰苦创业、科学求实的学风，坚持以病人为中心，规范医疗行为，保障医疗，降低医疗费用，提高医疗质量，以高水平的医疗技术和体贴周到的服务，让患者得到满意的效果。
消化肿瘤内科专注于胃肠道肿瘤的，以临床研究推进临床实践，以人才培养带动学科发展。专长于胃癌、结直肠癌、食管癌、胰腺癌、胃肠间质瘤、神经内分泌肿瘤、胆道肿瘤、肝癌等，以及难治性消化系统肿瘤的诊断与、综合及个体化。消化肿瘤内科拥有60多张病床，2013年接诊3万余人次。患者来自全国各地以及海外。科室专业技术实力雄厚，特别在胃癌、食管癌等中国高发肿瘤以及结直肠癌的，我们积累了丰富的经验，水平居于国内地位，病人在这里能享受到的医疗服务、的策略与方案。我们还为国内各大肿瘤专科医院培养了数百人的研究生及进修医生，推动了国内消化道肿瘤的规范化。同时我们基于临床问题开展的临床研究，以及牵头承担的数十项国家、省市级科研项目，提升了国内整个临床水平，促进了学科发展。