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北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所与医院主体并称“一院三所”，成为集医疗、教学、科研、预防、国际交流五位一体的医疗科研联合体。眼科、耳鼻咽喉科为教育部批准的国家临床重点学科，变态反应(鼻过敏)科为原国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。首都医科大学北京眼科学院和耳鼻咽喉科学院设在院内。医院设有世界卫生组织防盲合作中心和世界卫生组织防聋合作中心，附设北京同仁眼库(国际眼库协会会员)。
普通门诊挂号是各大医院多，对于普通人来说，也是用得多的，但是因为信息没有相关配套的系统来完成操作，只能干等，或急跑挂号，大量浪费资源。
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患者就医时，须持本人有效身份证件（包括二代居民身份证、户口簿、社会保障卡、护照、军官证等）进行挂号就诊，同时提供本人手机号码等有效联系方式；对未携带有效身份证件的患者，医疗机构须登记其姓名、身份证号、联系方式、家庭住址等信息，对急诊和危重患者，医疗机构应先行诊疗救治，待病情稳定后，再核实其身份信息。