北京大学肿瘤医院胃肠肿瘤中心二病区拥有的胃肠肿瘤诊疗和研究团队，比肩国际胃肠诊疗中心。共开放床位29张，专长于进展期胃肠肿瘤的手术和综合、早期胃癌的保留功能手术、低位直肠保肛手术等。主治病种包括胃癌、结直肠癌、胃肠道间质瘤和其他少见胃肠道肿瘤。在多学科讨论的基础上，为每一位患者制定和实施为合理的诊疗规划。在中心主任季加孚院长的直接领导下，科室秉承北京大学肿瘤医院的优良传统，追求，不断进步，在临床、科研、教学等各方面均取得了令人欣喜的成果，保持稳健、严谨工作作风的同时，走上了高速发展的快车道。科室人员结构：1、人员构成：主任医师3人，副主任医师6人，主治医师7人，住院医师2人，护理人员17人。2. 科室主要领导：胃肠肿瘤中心主任季加孚，科主任步召德，护士长赵旻。
科室特色包括：微创手术、外科、疑难手术、功能保留手术、快速康复、病人全程管理。
肿瘤妇科现有床位32张，医护人员20人，其中副主任医师以上医师3人，承担着医疗、教学和科研工作。
主要诊治妇科各种良、恶性肿瘤，包括卵巢、子宫体、宫颈、阴道和外阴的良恶性肿瘤等。开展全子宫切术、附件切除术、子宫广泛性切除及次广泛切除术、卵巢癌减瘤术、阴式子宫切除术、宫腔镜、腹腔镜手术及LEEP刀宫颈锥切术。以妇科肿瘤的综合为特色，强调个体化综合方案，擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。主要特色包括：
1. 擅长难治性或复发妇科恶性肿瘤的。依据患者病情，合理地应用手术、化疗、放疗、介入和生物等手段，制定个体化方案，延长患者的生存期，提高患者的生活质量。
2. 顺应微创外科的潮流，积极开展微创手术，包括腹腔镜下广泛子宫切除、盆腔淋巴结清扫术、宫腔镜下肿瘤切除术、宫颈LEEP刀锥切术、子宫内膜热球、阴式子宫切除术等。在保证效果的同时，减轻患者的痛苦，缩短术后恢复时间。
3. 与肿瘤内、外科专业组密切合作，对消化道恶性肿瘤的卵巢转移以及乳腺癌内分泌后的妇科问题采取有力的措施进行，取得了一定的效果。
肿瘤妇科的全体医护人员继承老一代艰苦创业、科学求实的学风，坚持以病人为中心，规范医疗行为，保障医疗，降低医疗费用，提高医疗质量，以高水平的医疗技术和体贴周到的服务，让患者得到满意的效果。
消化肿瘤内科专注于胃肠道肿瘤的，以临床研究推进临床实践，以人才培养带动学科发展。专长于胃癌、结直肠癌、食管癌、胰腺癌、胃肠间质瘤、神经内分泌肿瘤、胆道肿瘤、肝癌等，以及难治性消化系统肿瘤的诊断与、综合及个体化。消化肿瘤内科拥有60多张病床，2013年接诊3万余人次。患者来自全国各地以及海外。科室专业技术实力雄厚，特别在胃癌、食管癌等中国高发肿瘤以及结直肠癌的，我们积累了丰富的经验，水平居于国内地位，病人在这里能享受到的医疗服务、的策略与方案。我们还为国内各大肿瘤专科医院培养了数百人的研究生及进修医生，推动了国内消化道肿瘤的规范化。同时我们基于临床问题开展的临床研究，以及牵头承担的数十项国家、省市级科研项目，提升了国内整个临床水平，促进了学科发展。
北京大学肿瘤医院黑色素瘤与肉瘤内科，始建于2005年，通过十余年的快速发展，科室具有强大的医疗科研团队，开设本院、南院共两个病区，以及临床转化实验室。年门诊量30000余人次，收治患者8000余人次。全科在编医生10名，研究人员2名, 合同医生1名，在编均为博士学位,其中主任医师4名，副主任医师4名，研究员1名，副研究员1名。学科带头人郭军主任，任Melanoma World Society (MWS) 副主席及中国临床肿瘤学会(CSCO)副理事长兼秘书长等职务。科室多人数次获得，市级人才培养计划。近年留学回国青年医师7人，与多家国际黑色素中心建立良好合作。