后来，陈友芝进入到浙江省肿瘤医院，专门从事中医肿瘤防治工作，是该院的中医药科主任。
陈友芝医术，医德让人敬佩，的患者人数众多，他的名气也大振，不久就成了知名的中医内科、中医肿瘤专家。
陈友芝将五运六气学说运用到了临床甲状腺、乳腺、肝、胆、肺、肠胃等恶性肿瘤和疑难杂症方面，都取得了很好的效果。
陈友芝总结出恶性肿瘤就是癌毒，当癌毒在身体内转移扩散时，人体会生成抵毒的力量，但是癌毒也在不断增长，在不断消耗着身体的力量，当身体内的精血阴液被慢慢消耗殆尽后，生命也就走到终点。
陈友芝还将自己毕生经验整理编写出版了《陈友芝中医治癌百例》、《陈友芝医案》、《陈友芝医案续集》等书籍。其中《陈友芝医案》是他和女儿一起撰写的，一经推出便深受好评。
而《陈友芝中医治癌百例》则详述了他的治癌观念和临床经验，是本不可多得的中医治癌参考书籍。
陈祺在小儿生长发育领域，特别是在小儿性早熟、矮小症等方面，能运用现代医学进行专科的诊治，同时能发挥中西医结合的优势，加用中医中药的辨证论治，取得了显著的效果，在浙江省内有一定的声誉，在生长发育医学领域具有自己明显独特专业优势。