约束的目的不同。履约保证金的目的是担保承包人完全履行合同，主要保证工期和质量符合合同的约定。履约保证金的功能，在于承包人违约时，赔偿发包人的损失，也即如果承包人违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。质量保证金则更多的是一种约束工程质量的手段。
提交主体：投标保证金由所有投标人提交;履约保证金仅由中标人提交。
保证金的期限：投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交;履约保证金应在签定正式施工合同前提交;投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天;履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
没有按照招标文件提交投标保证金或所提供的投标保证金有瑕疵的，按废标处理;提交投标保证金但违反下述方投标保证金的两种情况之一，没收投标保证金;没有按招标文件要求提交履约保证金的，将失去订立合同的资格，并没收投标保证金。
预付款保函在国际承包业务中使用时，是由承包人通过银行向业主提供。保证书规定，如申请人不履行他与受益人订立的合同的义务，不将受益人预付、支付的款项退还或还款给受益人，则由银行向受益人退还该款项。
预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。