履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》规定，招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当按照招标文件的要求提交。履约保证金不得超过中标合同金额的10%。招标人超过规定的比例收取投标保证金、履约保证金或者不按照规定退还投标保证金及银行同期存款利息的，由有关行政监督部门责令改正，可以处5万元以下的罚款；给他人造成损失的，依法承担赔偿责任。
预付保函又称还款保函（repayment guarantee）及退款保函，在贸易合同中还可以称为定金保函（down-payment guarantee）。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，由银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约（不管这种行为是有意的或者是无意造成的），担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。
商业保函与银行保函的因素
签发者: 商业保函是由商业公司或保险公司签发的，银行保函则是由银行签发的。
保证内容: 商业保函主要是对货物交付的保证，而银行保函主要是对债务偿还的保证。
保证范围: 商业保函的保证范围比较灵活，可以针对特定交易、地域或商业关系；银行保函通常是对整体债务的保证。
保证效力: 商业保函的效力可以通过保险公司的信用评级来评估，银行保函则受银行的信用评级影响。
权利义务: 商业保函一般不涉及银行的财务责任，银行保函则是银行承担的保证责任。
这些因素需要根据具体交易情况进行考虑，并结合客户的需求来选择适合的保函类型。