资金来源不同。履约保证金一般来自承包方的流动资金，在施工前付给发包方。质量保证金是发包方与承包方在建设工程承包合同中约定或承包方在工程保修书中承诺，在工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。
履约保证金和违约金的区别
违约金是指按照当事人的约定或者法律直接规定，当一方当事人违反合同时，应当向另一方当事人支付的金钱。违约金与履约保证金都具有督促债务人履行合同的作用。二者的区别在于：首先，违约金是合同一方违约时承担责任的一种方式，具有补偿性和惩罚性。而履约保证金为合同履行的一种担保方式，是否具备补偿性和惩罚性，法律法规没有明确规定，通说认为其具有补偿性；其次，违约金适用于合同双方当事人，而履约保证金通常只约束一方当事人即中标人，当接受履约保证金的招标人违约时，履约保证金对其不起作用；第三，违约金一般无需预付，在债务不履行损害发生后始得请求，而履约保证金则应根据合同约定交纳。
借款保函是银行应借款人要求向贷款方开立的保证借款人到期归还贷款本息，否则由保证人进行赔付的书面担保文件。借款保函的担保金额一般为贷款总额及其利息之和，保函自开立之日起生效，至借款人偿清全部本利总和之日失效。保函的担保责任随借款人的偿还而自动递减。
预付款保函（advance payment guarantee）承包人要求银行向业主(发包人) 出具的保证业主所支付的工程预付款用于实施项目的一种信用函件。投标人在中标后签订的合同中规定，承包人委托银行向业主出具的由业主按合同规定向承包人支付一笔工程预付款，及时用于实施项目的保证函件（即A委托B向C作出担保，担保内容是C按合同约定向A支付的预付款确实在用于项目的实施）。担保银行应为业主所接受。如承包人不履约，业主可凭保函向担保银行索赔。