化粪池主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
、二池的有效容积
应根据使用人数、粪便贮存发酵达到无害化所需的时间决定，一般要求、第二池的有效容积应保证粪便在其中能存留30天时间，在第三池存留30天。每人每天的粪尿排泄量约为1.5L，节水型便器的冲洗水量可按每天2.OL计算，所以、二池容积的计算量不能少于3.5L。第三池容积的大小视用周期而定，一般不小于和第二池之和。如果是水冲式的户厕则贮粪池容积可适当放大。
维护管理
（一）新池建成确认无渗漏，并养护两周后正式启用。
（二）使用中要控制用水量。
（三）应按照设计周期清理粪皮和粪渣，在粪池内取出的粪渣须经堆肥法或化学法处理后再作肥料，第三池取出的粪水可直接用作肥料。
（四）保持化粪池盖板的密封性，在清渣或取粪水时，不得在池边点灯、吸烟等，以防发酵产生的沼气遇火爆炸。
环卫处清理化粪池都是先用吸粪车吸出表层液体，再用高压水冲洗，待气味发散一会儿后，才能下人清理淤积物化粪池长期不清理，其中积存的沼气让化粪池变成了一个隐形“炸弹”，不清理或不专业的清理很容易将其引爆。