三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
过粪管位置
过粪管安装的位置关系到粪便流动方向，流程长短，是否有利于厌氧和能否有效阻流粪皮、粪渣、以及保持一、二池的有效容积，新鲜粪便进入粪池后，多集中在上层形成粪皮，然后逐渐疏松崩解，比重较大的下沉形成粪渣，粪皮与粪渣之间为稀粪液。寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上：其中池到第二池过粪管下端位置在池的下1/3处，上端在第二池距池顶100mm左右：第二池到第三池过粪管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。附有关平面图。
（1）粪便转运站(场、码头)设施应完好、整洁。转运的粪污水应密闭贮存于贮粪池内。贮粪池应符合防渗漏、防臭气扩散和防蝇的要求，并设置防火、防爆设施。
（2）贮粪池内的粪便应及时转运，不得外溢。
（3）输粪管道应完好、畅通，闸阀应严密，无破损、滴漏。
（4）转运作业时，粪便不得污染水体和作业场地。冲洗作业场地的污水应经适当处理，排入污水管网或收集池，不得直接排入附近水体。
（5） 将人力收集车的粪便转运到机动车时，应保持转运作业的紧密衔接，不得任意将粪罐、粪桶、手推粪车停放在主要道路上。
（6）卸粪时应谨慎操作，不得将粪便泼洒在卸粪口周围地面。作业结束，应及时清洗卸粪口及作业场地。
（7）粪便转运站(场、码头)应有灭蝇措施。在可视范围内，苍蝇不超过3只/次，无蛆，臭味不超过4级。
1. 人工清理：使用特殊工具，如胶水吸管、硬鹅毛刷等，并配合化学清洗剂使用。可以将化粪池内的垃圾等物质人工取出,再用硫酸、酸碱等化学药剂清洗,以达到除臭、、清洁化粪池的目的。
2. 机械清理：是一种更加、快捷的化粪池清理方式,相较于人工清理能够更加彻底地清理化粪池内的杂质和污垢。通过专业化粪车清理,清洗效果十分明显。
3. 化学清理：使用化学物质对化粪池进行清洗，同时能够消除异味、除垢效果好。化学清洗是通过环保清理产品,如油垢清洁剂、活性污泥等进行清理,以达到清洁、除臭等目的。
4. 抽污法：使用高压泵或真空吸尘车等工具将化粪池内的污水抽出,然后将污水从现场转运至处理设施进行处理。该方法适用于化粪池较深、环境较狭窄或无法直接进入的情况。
5. 高压水冲洗法：使用高压水枪对化粪池进行冲洗，以清除残留的污渍和杂质,然后将水排入污水处理设施或其他合适的地方。该方法适用于化粪池表面有较多杂质、壁面附着物比较严重的情况。
6. 生物制剂法：添加含有和好氧菌的生物制剂,帮助分解化粪池中的有机物,并减少沉淀物的堆积。该方法适用于化粪池内固体废物较多,但不是很严重的情况。