客户定制服务是南航快运系统的创新项目，主要是针对特种货物、高价值货物量身定制的航运方案，该服务享受更高等级的运输保障。南航除能为客户提供南航快运的规范化服务之外，还免费为客户升级服务标准，提供包括独立监控、独立装舱、独立仓储、独立提货以及安保升级等个性化需求服务。
客户如果在交运时选择了免费短信服务，那么无论是作为发货人或者提货人，都可以在南航快运货物运输途中各个主要环节，收到系统发送的货物信息，足不出户轻松掌握货物动态。客户也可通过专线电话或南航系统，时刻追踪货物动态。
客户交运的南航快运货物，将进入独立的VIP候机区，并且免费享受南航提供的温控、保险箱等增值服务。另外，客户定制的创新在于，南航快运货物将享受舱位独占的权力，在机舱内，该货物周围将不会再装载其他货物。
托运人在申请货物运输时，应正确填写“国际货物托运书”和有关需要的证书、文件。向海关办理出口手续后由民航填开一份航空运单。包机运输的货物，每一架次填开一份航空运单。航空运单是承运人与托运人之间的货运契约，也是航空运输凭证。