污水进入化粪池经过12~24h的沉淀，可去除50%~60%的悬浮物。污水进入化粪池经过12-24小时的沉淀，可筛除50%-60%的悬浮物。沉淀下来的污泥经过3个月以上的厌氧消化，使污泥中的有机物分解成稳定的无机物，易腐败的生污泥转化为稳定的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥的含水率。
三格式化粪池是由三个相互连通的密封粪池组成，粪便由进粪管进入池依此顺流至第三池，其各池的主要原理：
池：
主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
第二池：
起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。
第三池：
主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
贮粪池由二根过粪管连通的三个格室的密封池组成。根据其主要功能依次可命名为截留沉淀与发酵池、再次发酵池和贮粪池。三池之间由过粪管连接。有斜插管及倒U形、倒L形管等，但以斜插管为。过粪管采用内径为100～150mmPVC塑料管为宜，也可以用水泥预制、陶管等其它材料、要求内壁光滑。为防止堵塞，考虑粪池的大小与流量，可适当增加过粪管的数量。
如果化粪池处于长期不清理状态，会造成粪渣板结，化粪池实则形同虚设，污物得不到有效的无害化处理，将直排市政渠。此外，在污水井密封程度较高的情况下，如果沼气满溢，甚至可能造成沼气爆炸，这也就是为什么要定期进行化粪池清理的原因所在。