主要截留含虫卵较多的粪便，粪便经发酵分解，松散的粪块因发酵膨胀而浮升，比重大的下沉，因而形成上浮的粪皮、中层的粪液和下沉的粪渣。利用寄生虫的比重大于粪尿混合液的原理使其自然沉降于化粪池底部。利用粪液的浸泡和翻动化解粪块使其液化并截留粪渣于池底。厌氧发酵：化粪池的密闭厌氧环境，可以分解蛋白性有机物，并产生氨等物质，这些物质具有杀灭寄生虫卵及病菌的作用。
化粪池的清掏周期与粪便污水温度、气温、建筑物性质及排水水质、水量有关。设计清掏周 期过短，则化粪池粪液浓度过高，与实际清掏周期差距过大，影响正常发酵和污水处理效果，甚至造成粪液漫溢，影响环境卫生。设计清掏周期过长，则化粪池容积过大，增加造价。
砖混化粪池由于设计、施工、使用、管理等方面的诸多问题，致使95%以上的化粪池使用1-2年后开始严重渗漏,由于不被人重视，化粪池渗漏问题严重污染了地下饮用水源和城市地下供水管道,更为严重者造成建筑物不同程度倾斜。另外，传统砖混化粪池由于缺乏技术含量,处理水质差，排出污水严重超标,大大增加了污水处理厂的工作负荷，在无市政管网的少数地区将传统化粪池处理后的污水直接排入河湖，给周边河湖水环境带来严重破坏。传统化粪池由于技术含量低，腐化功能差，清掏周期短，如果日常维护管理不到位，还会出现沼气中毒、爆炸等不隐患。
新鲜粪便由进粪口进入池，池内粪便开始发酵分解、因比重不同粪液可自然分为三层，上层为糊状粪皮，下层为块状或颗状粪渣，中层为比较澄清的粪液。在上层粪皮和下层粪渣中含和寄生虫卵多，中层含虫卵少，初步发酵的中层粪液经过粪管溢流至第二池，而将大部分未经充分发酵的粪皮和粪渣阻留在池内继续发酵。流入第二他的粪液进一步发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪液得到进一步无害化，产生的粪皮和粪厚度比池显著减少。流人第三他的粪液一般已经腐熟，其中病菌和寄生虫卵已基本杀灭。第三池功能主要起储存已基本无害化的粪液作用。