过滤系统包括两方面，一方面是生化过滤，另一方面是物理过滤。
生化过滤：是以培养为主的过滤方式。
我们常见的就是水妖精(气动式过滤器)以及上流行的气举。其原理就是以多孔隙的滤材上形成高氧区、水流体，用以培养硝化。
物理过滤：是以抽取缸中肉眼可见废物。
通过较致密的过滤物，也就是我们常用的过滤棉，用以阻断大颗粒的废物再次回到缸内。物理过滤过程中也包含有生化过滤过程，因为过滤棉上也会培养硝化生长。常见的就是上滤。
外置式过滤器(过滤桶)：桶状结构，水泵一般置于桶盖中，有IN和OUT两个管道，经由IN口管道从鱼缸中抽取水，在过滤桶内进行物理和生化过滤过程，再经由OUT口出水管流回鱼缸中，滤体较大，但清洗起来不便，建议大家半年左右清洗一次。
溢流式过滤器：一般用于裸缸养大型鱼时采用(比如龙鱼、罗流鱼等)，此种过滤系统在理论上讲可以免维护，但仍然需要人工来清理鱼缸底部的废物。此种过滤系统的缺点就是不美观、体积较大!但其生化过滤系统效果!
鱼缸里的水会因鱼类的粪便、食物残渣、水草腐叶而受到污染。在人们想象中将水中看得见的悬浮物过滤掉，使水保持清澈透明就已达到目的，其实这仅仅只是过滤的初级功能，我们通常称之为机械过滤。现代的观赏鱼缸过滤应是同时具有机械过滤和生物过滤，有时还需要物理过滤。其中尤为重要的是生物过滤。所谓生物过滤，就是通过附着在滤材上的，将溶解在水中的有害物质分解或转化为无害物质。物理过滤则是利用某些材料特有的吸附功能使水净化。物理过滤只在特殊情况下短时间使用，如为了去除水中的剩余药剂等。