底部式过滤器：利用底砂砂层作为大体积的滤材(渗流滤层)，通过铺设在砂层下的进水管道网，经由沉水水泵抽水，达到物理过滤及生化过滤的目地(原理类似于沉水式过滤器)因滤体较大，所以维护间格时 间较长，但维护极为不便。效果不错，缺点是安装较麻烦，还有草缸无法使用，会照成底肥的严重流失。
在缸中投放清道夫和食苔虾，它们能清除附着在缸壁上的污垢和藻类，使缸壁清晰。
具备了如上条件，您的水族缸中的水自然会是十分清洁的，虽然在底砂中仍会看到固体渣滓，但并不会影响到水的清晰，是无害的，如果种了水草还是肥料，可以减少水草肥的用量。
一般采用溢流方式过滤的大型鱼缸，都会在水面处开一个溢流口，直接将油膜导入过滤系统中过滤分解。
采用上滤、瀑布等方式过滤的小缸，可以在水面添加一个入水口，直接吸取油膜，动手能力不强的的话，水族店里和淘宝网上有成品，叫除油膜器。但这种除油膜器不建议使用在过滤桶上，因为其可能导致过滤桶内吸入大量空气，干扰水泵正常工作，甚至烧泵。
太小的缸，或没有条件添加除油膜硬件，可以放一些“黑玛莉”，这种上层鱼，总是在水面上找食物，同时吞食油膜。也可以定期用一个小杯子压入水中，杯口贴近水面，让水面的水溢流到杯中，手工清除油膜。