过滤系统包括两方面，一方面是生化过滤，另一方面是物理过滤。
生化过滤：是以培养为主的过滤方式。
我们常见的就是水妖精(气动式过滤器)以及上流行的气举。其原理就是以多孔隙的滤材上形成高氧区、水流体，用以培养硝化。
物理过滤：是以抽取缸中肉眼可见废物。
通过较致密的过滤物，也就是我们常用的过滤棉，用以阻断大颗粒的废物再次回到缸内。物理过滤过程中也包含有生化过滤过程，因为过滤棉上也会培养硝化生长。常见的就是上滤。
外挂式过滤器 ：外观一般为盒状，通常自带有水泵，一般用于中小或小型鱼缸使用，因体其积小、水流强度不高、不会占用缸内空间。维护方面比较方便。能常商家叫这为瀑布式过滤系统，效果不太理想，但是袖珍美观，一般推荐10升以下的水族箱使用。
市场有些劣质饵料，为增加卖相会加入色素，喂用时饵料中的色素溶入水里，就使水变为色，如出现此情况就应更换饵料才能沏底解决。
水草也是净化水体的好帮手，应该尽量多养水草，使整个水族缸变成一个小小的生态乐园，水体自然就变得十分清澈。
在缸中投放清道夫和食苔虾，它们能清除附着在缸壁上的污垢和藻类，使缸壁清晰。
具备了如上条件，您的水族缸中的水自然会是十分清洁的，虽然在底砂中仍会看到固体渣滓，但并不会影响到水的清晰，是无害的，如果种了水草还是肥料，可以减少水草肥的用量。