过滤系统包括两方面，一方面是生化过滤，另一方面是物理过滤。
生化过滤：是以培养为主的过滤方式。
我们常见的就是水妖精(气动式过滤器)以及上流行的气举。其原理就是以多孔隙的滤材上形成高氧区、水流体，用以培养硝化。
物理过滤：是以抽取缸中肉眼可见废物。
通过较致密的过滤物，也就是我们常用的过滤棉，用以阻断大颗粒的废物再次回到缸内。物理过滤过程中也包含有生化过滤过程，因为过滤棉上也会培养硝化生长。常见的就是上滤。
沉水式过滤器：在沉水式水泵下方进水口处直接装上置有滤棉或深化棉的滤盒(桶)维护简便，过滤设备价格便宜。此种过滤系统是水族商们经常推荐的，因o 其兼有过滤及增氧效果。但是其实际效果没有那么理想。用的时间长了，对于鱼缸内的杂志清除效果不佳。
滴流与渗流： 滴流式过滤，这种过滤系统多用于溢流式过滤器或上部式滴流盒，其主要特征在于滤材大部份暴露天空气里，滤材主要以陶瓷环、生化球、过滤棉为过滤材质，进行生化过滤过程，过滤仓内有流动空气，但无物理过滤的功能。 渗流式过滤 ，滤材通常为滤棉、生化棉、底砂。主要的特征为滤材基本浸于水体之中，不与空气直接接触，起到物理过滤过程，但是在生化棉和底砂之间有较大的空隙，可为消化提供良好的生存环境，也有一定的生化过滤能力。这两种过滤系统的过滤效果都很好，但也有缺点，滴流过滤需要在鱼缸上部占较大的一块空间，也不美观。
过滤池的过滤能力要足够大。过滤机的过滤能力，都以升/小时来表示。要将水滤清，一般要求过滤量要达到4-7个过滤循环，具体讲，如果鱼缸的水是200升，就要配处800—1500升/小时的过滤机。
鱼只的数量和饵料的多少都要适度，鱼的蜜度过大，喂饵料过多，等于增加了污染量。